結論から言うと、ホームページのリンクナビゲーションに関わる場所にJavaScriptやFlashを使用するべきではない。
つまり、それ以外の場所には使用しても良いです。
なぜ、ホームページのリンクナビゲーション部分に使用しない方が良いかと言うと、ヤフーやグーグルなどの検索エンジンのJavaScriptやFlashを解析する性能が、HTMLを解析する性能よりも弱いからです。
つまり、JavaScriptやFlashを使ってホームページをコーディングすれば、検索エンジンがリンク先を取りこぼすことがあり、その結果、検索順位が低くなる可能性があるからです。
デザインに走りすぎてJavaScriptやFlashを使う場合は、この点に注意してホームページを制作してください。
検討を祈ります。